ארבע שנים לאחר כינון יחסים דיפלומטים בין ישראל ליפן הוקמה בשנת 1956 "האגודה לידידות ישראל יפן".
בין המייסדים היו מר משה בז'רנו, איש עסקים ודיפלומט, ומר ק. מוסברג שהיו גם יושבי הראש הראשונים ועו"ד רם סלומון אשר חבר את תקנון האגודה.
במשך השנים, במקביל עם הרחבת קשרי התרבות בין שתי המדינות והתפתחות קשרי מסחר ענפים, הותאם תקנון האגודה לצרכים החדשים והוקמה "האגודה לידידות ולשכת המסחר ישראל-יפן".
"האגודה לידידות ישראל יפן" הפועלת במסגרת "האגודה לידידות ולשכת המסחר ישראל-יפן" היא עמותה רשומה שמטרתה לעודד לימוד נושא יפן ותרבותה בקרב תושבי ישראל.
החברות בלשכת המסחר מיועדת בעיקר לאנשי עסקים המקיימים או רוצים לקיים קשרי עסקים עם יפן.
מאידך, החברות באגודה לידידות פתוחה לכל המתעניין ביפן ובתרבותה. חברים באגודה אמנים, אנשי רוח ואקדמיה, ואזרחים המתעניינים במגוון נושאים הקשורים בתרבות היפנית.
האגודה לידידות ישראל יפן פועלת בתחומים הבאים:
• קידום הלימוד וההבנה של תרבות יפן בישראל.
• פיתוח קשרי חברה ותרבות בין העם בישראל והעם היפני.
• קיום ארועים שונים בנושא תרבות יפן: סרטים, הרצאות, הדגמות, תערוכות אמנות
• קיום קשרים עם מוסדות תרבות ביפן.
• מפגשים בין אנשי רוח, אקדמיה, ואמנים מיפן ומישראל.
• שגרירות - הרצאות בנושאי יפן, בשיתוף עם שגרירות יפן בישראל.
• בניה ותחזוקה של אתר בשפה העברית www.japangeo.org.il ככלי עזר ללימוד תרבות יפן